Ketika Inggris mengambil alih kekuasaan penjajah Belanda, lahirlah sebuah kerajaan baru di Yogya, yaitu kadipaten Pakualaman. Saat itu, Gubernur jenderal Raffles menilai bahwa Sri Sultan HB II dan Sunan Solo tidak menaati Perjanjian Tuntang. Karena itu, Sultan HB II Dipaksa oleh Raffles untuk turun tahta. Kemudian Raffles mengangkat Sri Sultan HB III dengan mengurangi daerah kekuasaan Kasultanan Yogya. Sebagian dari wilayah kekuasaan Kasultanan diberikan kepada Pangeran Notokusumo yang adalah saudara dari Sri Sultan HB III. Daerah otonom yang sebagian berlokasi di dalam kota dan sebagian kecil berlokasi di daerah selatan Yogya (daerah Adikarto) menjadi sebuah kadipaten baru yang dikuasai dan pimpin oleh Pangeran Notokusumo tersebut. Pada 17 maret 1813, Pangeran Notokusumo mengukuhkan tahtanya dan bergelar Pangeran Adipati Paku Alam I. Ia memerintah sampai pada 1829.
Sama seperti Kasultanan Yogya, Kadipaten Pakualaman ini merupakan sebuah kerjaan (praja kejawen). Pada era pemerintahan Paku Alam V, Pakualaman memiliki kekuatan militer tersendiri. Bahkan, Kanjeng Gusti Pangeran Adipati Aryo Paku Alam V (1878-1900) diberi pangkat Kolonel dan memperoleh bintang Ridder-kruis van den Nederlandschen Leeuw.
Selama masa Hindia Belanda, Kadipaten Pakualaman mempunyai sistem pemerintahan yang lebih sederhana karena daerahnya lebih kecil. Kabupaten Kota Pakualaman hanya terdiri dari satu Asistenan dan satu kamantren. Kabupaten Adikarto yang berada di bagian selatan Kulon Progo terdiri dari empat asistenan (kapanewon). Masin-masing asistenan dikepalai oleh seorang asisten wedana atau panewu pangreh praja dan membawahi beberapa desa.
Ahmad Ariefuddin 